抗体 CDR 分析工具

        抗体互补决定区(Complementarity-Determining Regions, CDRs)是抗体可变区中参与抗原识别和结合的关键区域。不同编号体系(如 IMGT、Kabat 和 Chothia)对 CDR 边界的定义可能存在差异。以下在线工具可用于抗体可变区序列编号、CDR/FR 区域划分及 V(D)J 胚系基因分析,供抗体序列分析与重组抗体研究参考。

 

(1)IMGT/V-QUEST

        IMGT 是国际免疫遗传学信息系统。V-QUEST 可以分析抗体/免疫球蛋白可变区序列,识别 V、D、J 基因,并按照 IMGT unique numbering 划分 FR1–FR4 和 CDR1–CDR3。

 

(2) ANARCI Antibody Numbering Tool

        ANARCI 是牛津大学 Oxford Protein Informatics Group 的抗体序列编号工具。它的优势是可以对氨基酸可变区序列直接编号,并支持多种抗体编号体系:IMGT / Kabat / Chothia / Martin / AHo

        因此对于你们网站用户来说非常实用——输入 VH 或 VL 氨基酸序列后,可以快速确定抗体编号和相应 CDR 区域。尤其是以后御祯做 CDR grafting / 鼠源化 / 人源化 / recombinant antibody engineering,这个工具很值得放。

 

(3) NCBI IgBLAST

        NCBI 官方提供的免疫球蛋白序列分析工具,可以输入核酸或蛋白序列,进行 V(D)J germline gene assignment 和抗体可变区 annotation。当前网页工具支持选择 IMGT 或 Kabat 的 V-domain delineation system。

 

(4) SAbPred Antibody Prediction Toolbox

        SAbPred 是 Oxford Protein Informatics Group 的一整套抗体生物信息学平台。除了 ANARCI,还包括 ABodyBuilder2、SCALOP、TAP、Hu-mAb、Humatch 等工具,可以继续做抗体结构预测、CDR canonical loop 分析、developability assessment 和 humanization。

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